Фамилия Абитканова образована от мужского имени Абиткан — сложносоставного тюркского антропонима. Первая часть, «Абит», восходит к арабскому «абид» (عابد) — «поклоняющийся», «раб Божий», а вторая, «кан» — древнетюркское слово «хан» (правитель, владыка). В сумме имя можно перевести как «поклоняющийся хану» или «раб правителя», но в бытовой ономастике такие конструкции чаще означали не реальное подданство, а пожелание силы и покровительства: «тот, кто служит достойному владыке».

По словообразовательной модели это типичная «патронимическая» фамилия на -ов/-а: Абиткан → Абитканов → Абитканова (женская форма). Она закрепилась в среде тюркоязычных народов, преимущественно у казахов, татар и башкир, где подобные двусоставные имена были распространены в XVIII–XIX веках. Фамилия недвусмысленно указывает на родоначальника с именем Абиткан — скорее всего, уважаемого человека в общине, возможно, старшины или батыра.

Встречается вариант написания с одной «н» — Абитканова, но это скорее орфографическая ошибка, чем самостоятельная форма. Ударение падает на третий слог: Абитка́нова.

Редкость фамилии в том, что основа «кан» в составе имени встречается не только как «хан», но и как монгольское «хан» в значении «кровь» — однако для данной фамилии эта версия маловероятна, так как имя Абиткан бытует именно в исламской среде, где арабский корень «абид» очевиден.