Фамилия Ачаите — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение почти наверняка не связано со славянскими корнями. В русском языке нет основы «ача-» или «ачай-», которая дала бы прозвище или имя, а суффикс «-ите» совершенно нетипичен для русских фамилий. Последний элемент — это маркер, указывающий на литовское или, шире, балтийское происхождение.

В литовском языке суффикс «-aitis» (в русской передаче часто «-айтис» или «-ите») образует фамилии по отчеству, буквально «сын такого-то». Таким образом, Ачаите — это, скорее всего, женская форма литовской фамилии Ачайтис (Ačaitis) или Ачас (Ačas). Основа могла произойти от личного имени или прозвища Ачас, которое, в свою очередь, может быть связано с литовским «ačiu» — «спасибо», или с диалектным словом, обозначавшим что-то острое, колкое. Встречается и версия, что это сокращённая форма от более длинного имени, например, от Ачар (Ačaras).

Географически фамилия тяготеет к регионам, исторически связанным с Великим княжеством Литовским, — западные области современной Беларуси, Литва, а также Калининградская область и часть Псковщины. В России фамилия Ачаите встречается редко, и её носители, как правило, имеют литовские или смешанные корни. В документах XIX — начала XX века, когда шла активная русификация, окончание могли менять на более привычные «-ов», «-ин», но форма «-ите» сохранилась у тех, кто либо поздно попал в русскую среду, либо сознательно её удерживал.

Примечательно, что в литовском языке женские фамилии на «-aitė» (Ачайте) указывают на незамужнюю женщину, а замужние получают окончание «-ienė» (Ачаене). Русская передача «Ачаите» смешала литовскую мужскую основу с женским окончанием, что типично для бюрократической фиксации: паспортисты часто записывали фамилию так, как слышали от женщины, не вникая в грамматические нюансы балтийских языков.