Фамилия Ачерот — редкий случай, когда основа слова не поддаётся однозначной славянской этимологии. В русском языке нет корня «ачер-» с понятным лексическим значением, поэтому происхождение, скорее всего, иноязычное. Самая вероятная версия связывает фамилию с итальянским или испанским словом acerbo — «горький», «терпкий», «резкий». В таком случае Ачерот — это русифицированная форма фамилии Ачербо или Ачерби, которая перешла в русскую среду через переселенцев, купцов или специалистов, приглашённых в Россию в XVIII–XIX веках.

Суффикс «-от» в русских фамилиях нетипичен. Он не принадлежит к продуктивным моделям вроде «-ов» или «-ин». Это либо остаток иноязычного окончания (итальянское -otto уменьшительное), либо адаптация под русское звучание. Если предположить, что фамилия могла возникнуть на южнославянской почве, то там «ачер» — диалектный вариант слова «очер» (от «око»), но такое толкование выглядит натянутым: фамилий от «глаз» в славянских языках много (Очков, Очеретин), но форма Ачерот для них нетипична.

Интересно, что в дореволюционных адресных книгах и метриках фамилия Ачерот встречается крайне редко и преимущественно в южных губерниях России — на Кубани, в Таврической губернии, а также среди греков и армян Причерноморья. Это косвенно подтверждает средиземноморский след: носители могли быть потомками выходцев из Генуэзских колоний (Кафа, Тана) или греков-понтийцев, у которых фамилия могла звучать как Ачеротис. Вторая, менее вероятная гипотеза — искусственное происхождение: в семинарской среде фамилии иногда образовывали от латинских слов (acer — «острый», «клён»), но суффикс «-от» для таких новообразований нехарактерен.

Однокоренных фамилий в русском языке практически нет. Единичные варианты Ачербаев, Ачеркин — это, скорее, поздние искажения при переписи или случайные совпадения. Для поиска корней носителю фамилии стоит обратить внимание на итальянские архивы (области Лигурия, Тоскана) и греческие метрики Приазовья — именно там может скрываться исходная форма.