Фамилия Аеертаку сразу бросается в глаза своим необычным написанием — скопление гласных «аее» в начале и редкое окончание «-у» выдают её нерусское происхождение. В исконно славянских фамилиях такой модели не встретишь: нет суффикса «-таку», а три гласные подряд для них нетипичны. Перед нами, скорее всего, искусственная или сильно искажённая запись, которую русские писцы сделали на слух, фиксируя инородное имя.

Наиболее вероятная версия ведёт к тюркским языкам. Если отбросить условное окончание «-у» (оно могло быть как русским падежным окончанием, так и частью тюркского аффикса), остаётся основа «Аеертак». В тюркских языках возможен корень «айыр» (разделять, отличать) или «аер» (особый, редкий). Суффикс «-так»/«-таг» в некоторых диалектах указывает на признак или предмет. Прозвище Аеертак могло означать «отделённый», «особенный» или «тот, кто разделяет». Реже встречается финно-угорская версия (например, в коми или удмуртском), где созвучная основа «ай» (голова, верх) и суффикс «-та» давали бы значение «верхний» или «главный», но для фамилии Аеертаку тюркский след выглядит убедительнее.

Словообразовательная модель здесь уникальна для русских фамилий: отсутствие привычных суффиксов «-ов»/«-ев» или «-ин». Это указывает на то, что фамилию либо записали в «сыром» виде, либо она принадлежит к небольшой группе так называемых «застывших» форм. В данном случае окончание «-у» — это, вероятно, остаток древнего местного падежа (как в фамилиях Черных, Косых, но с другим окончанием). Не исключено, что Аеертаку — русифицированная форма фамилии Аертаков или Аертакулов, где конечное «-у» появилось при записи в родительном или дательном падеже (например, «сын Аеертаку»), а позже закрепилось как основная.

С географической точки зрения, носители фамилий с похожей структурой (обилие гласных, окончание на «-у») встречаются в Татарстане, Башкортостане, а также среди народов Сибири, где русские писцы фиксировали инородческие имена на слух, сильно искажая их. Предки носителя фамилии Аеертаку с высокой вероятностью были не русскими по происхождению, а представителями тюркских народов, чьё имя или прозвище закрепилось в документах в такой необычной записи.