Фамилия Аенотов — редкая и на первый взгляд неожиданная. В её основе лежит слово «енот», но прямой связи с охотой на этого зверя или его разведением, скорее всего, нет. В русской ономастике прозвища по названиям животных давали за внешнее сходство или повадки: «енотом» могли прозвать человека с пушистыми бакенбардами, хитроватого или запасливого. Однако есть и другая, более правдоподобная версия, связанная с диалектным произношением.

Фамилия образована по стандартной модели: прозвище или некалендарное имя Енот плюс патронимический суффикс -ов, означающий «сын Енота». Этот суффикс указывает, что фамилия сложилась в центральной или северной Руси, где -ов был основным способом образования фамилий у крестьян и мещан. В южных и западных регионах чаще встречались фамилии на -енко или -ук, так что Аенотов — однозначно великорусская фамилия.

Главная особенность — начальное «А-», которое в русском языке не является продуктивным суффиксом для фамилий. Скорее всего, это результат аканья — фонетического явления, при котором безударное «о» произносится как «а». На письме это могло закрепиться: первоначальная форма могла быть Оенотов (от «оенот» — диалектный вариант слова «енот»). Либо это искажение при переписи населения, когда писарь записал фамилию на слух. В любом случае, корень остаётся зооморфным.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Енотов, Енотьев — показывает, что вариант с «А» уникален. Если Енотовы встречаются в единичных записях, то Аенотовы — почти исключение. Это делает фамилию ценной для локальной генеалогии: каждый её носитель, вероятно, происходит из очень узкого круга семей, живших в одном уезде. Географически фамилия встречается крайне редко, в основном в Поволжье и на Урале — регионах, где в XVIII–XIX веках активно селили государственных крестьян и где прозвища могли быть более архаичными. В дворянских родословных Аенотовых нет, это фамилия крестьянского или мещанского сословия. Точных данных о первом упоминании нет, но по модели образования фамилия могла закрепиться не позднее XVII века.