Фамилия Афафы настолько редкая, что её носителей можно пересчитать по пальцам. Она не встречается ни в одном известном словаре русских фамилий — ни у Унбегауна, ни у Никонова, ни в региональных справочниках. Это сразу подсказывает главное: перед нами не исконно русская фамилия в привычном понимании, а скорее всего, позднее заимствование или искусственное образование.

Разбирая состав, видим окончание -ы — форму множественного числа или родительного падежа. В русской ономастике такой формант характерен для фамилий украинского, белорусского или польского происхождения, но чаще всего встречается у северорусских фамилий на -их/-ых (Коротких, Седых). Однако основа «Афаф» не имеет славянских корней: ни в древнерусском, ни в церковнославянском, ни в диалектах слова с таким звучанием не зафиксированы.

Наиболее вероятная версия — русифицированная форма греческой фамилии Αθαθά (Афафа) или арабского имени Афаф (عَفَاف), что означает «целомудрие», «чистота». В греческом варианте это могла быть фамилия понтийских греков, переселившихся в Российскую империю в XIX — начале XX века. При адаптации окончание -а перешло в русское -ы по аналогии с фамилиями типа «Греки» или «Болгары»: фамилия могла обозначать род или семью, происходящую от некоего Афафа. Географически Афафы сегодня встречаются единично, в основном на юге России и в Краснодарском крае, что косвенно подтверждает греческую версию — именно там исторически компактно жили понтийские греки. Сословно предки, скорее всего, были крестьянами или мещанами, поскольку дворянские фамилии такой модели не фиксируются.

Другая гипотеза — что фамилия возникла в результате искажения при переписи или записи в советское время, например от Афанасьев (через усечение «-насьев» до «-фы») или от редкого прозвища «Афафа», которое могло быть звукоподражательным или детским. Но доказательств этому нет, и версия выглядит слабой: слишком сложный путь преобразования для массовой канцелярской ошибки.

Таким образом, если вы носите фамилию Афафы, ваши предки, вероятно, были выходцами из греческой среды, сохранившими в фамилии память о личном имени или прозвище, означавшем «чистый» или «целомудренный». Иных версий, подкреплённых источниками, ономастика пока не даёт.