Фамилия Афафы — настолько редкая, что её носителей можно пересчитать по пальцам. Она не встречается ни в одном известном словаре русских фамилий — ни у Унбегауна, ни у Никонова, ни в региональных справочниках. Это сразу подсказывает главное: перед нами не исконно русская фамилия в привычном понимании, а скорее всего, позднее заимствование или искусственное образование.

Если разбирать её по составу, то окончание -ы указывает на форму множественного числа или родительного падежа. В русской ономастике такой формант характерен для фамилий украинского, белорусского или польского происхождения (например, Кривых, Бобровских), но чаще всего он встречается у северорусских фамилий на -их/-ых (Коротких, Седых). Однако основа «Афаф» не имеет славянских корней. Ни в древнерусском, ни в церковнославянском, ни в диалектах слова с таким звучанием не зафиксированы.

Наиболее вероятная версия — фамилия Афафы представляет собой русифицированную форму греческой фамилии Αθαθά (Афафа) или арабского имени Афаф (عَفَاف), что означает «целомудрие», «чистота». В греческом варианте это могла быть фамилия понтийских греков, переселившихся в Российскую империю в XIX — начале XX века. При адаптации окончание -а перешло в русское -ы по аналогии с фамилиями типа «Греки» или «Болгары», то есть фамилия могла обозначать род или семью, происходящую от некоего Афафа.

Другая, менее правдоподобная гипотеза — что фамилия возникла в результате искажения при переписи или записи в советское время. Например, от фамилии Афанасьев (через усечение «-насьев» до «-фы») или от редкого прозвища «Афафа», которое могло быть звукоподражательным или детским. Но доказательств этому нет.

Географически фамилия Афафы сегодня встречается единично, в основном на юге России и в Краснодарском крае, что косвенно подтверждает версию о греческом происхождении — именно там исторически компактно жили понтийские греки. Сословно предки носителей, скорее всего, были крестьянами или мещанами, поскольку дворянские фамилии такой модели не фиксируются.

Таким образом, если вы носите фамилию Афафы, ваши предки, вероятно, были выходцами из греческой среды, сохранившими в фамилии память о личном имени или прозвище, означавшем «чистый» или «целомудренный». Иных версий, подкреплённых источниками, ономастика пока не даёт.