Фамилия Афганистанов — одна из тех, что сразу бросается в глаза своей географической «прозрачностью». На первый взгляд кажется, что её носитель — выходец из Афганистана, но в русской ономастике всё сложнее и интереснее. Основа фамилии — этноним «афганец», но суффикс -ов указывает на типично русскую модель образования от прозвища или мирского имени. Прямое указание на страну происхождения встречается редко: обычно так называли человека, который побывал в Афганистане, имел там дела или внешне напоминал жителя тех краёв (например, смуглой кожей или чёрными волосами). В XIX веке, во время Большой игры — противостояния Российской и Британской империй в Средней Азии, — русские купцы, дипломаты и военные нередко получали прозвище «Афганец» после возвращения из тех мест.

Однако есть и другая, менее очевидная версия. Фамилия могла возникнуть не от этнонима, а от редкого тюркского или кавказского личного имени Афган, которое, в свою очередь, восходит к тому же корню. В таком случае Афганистанов — это патроним: «сын Афгана». Такой вариант правдоподобен для регионов, где смешивались русские и восточные традиции, например, для Оренбуржья, Ставрополья или казачьих областей. В пользу этой гипотезы говорит и то, что фамилия не слишком распространена — она встречается точечно, а не массово, как могли бы звать потомков целой диаспоры.

Суффикс -ов в конце — стандартный для русских фамилий, образованных от основ на твёрдый согласный. А вот ударение в фамилии плавающее: одни носители ставят его на третий слог (Афгани́станов), другие — на второй (Афга́нистанов). Первый вариант ближе к исходному этнониму, второй — к личному имени. Спор о том, что первично — прозвище или имя, — так и остаётся открытым, но обе версии ведут к одному: предок человека с этой фамилией был либо человеком, связанным с Востоком, либо потомком того, кого звали Афганом.