Фамилия Афиленская — один из тех редких случаев, когда географическое название становится фамилией с неочевидной огласовкой. Суффикс -ск- прямо указывает на топонимическое происхождение: такую фамилию обычно получали дворяне по названию своего поместья или выходцы из конкретного села. В основе лежит слово «Афилы» или «Афилен» — так могло называться поселение, владение или урочище.

Корень «Афил-» не славянский. Самая убедительная версия возводит его к греческому «филос» (друг, любящий) с отрицательной приставкой «а-»: «афилос» означает «нелюдимый», «чуждающийся дружбы». Это могло быть прозвище человека замкнутого характера, которое затем закрепилось за его потомками. В русской традиции прозвища с греческими корнями встречались среди духовенства и образованных слоёв — семинаристы нередко получали фамилии, образованные от греческих слов.

Версия с польским или украинским влиянием тоже существует: в польском есть слово «фил» (слон), а «афил» могло быть искажением или диалектной формой. Но надёжнее придерживаться греческой этимологии. Фамилия Афиленская могла возникнуть в среде русского православного духовенства, где греческий язык был языком богослужения и образования. Священник или дьякон с прозвищем Афил (Нелюдим) мог дать начало целому роду, а его сыновья, поступая в семинарию, оформляли фамилию по месту служения отца — отсюда и суффикс -ск-.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южным губерниям России, где греческое влияние через церковные школы было сильнее. Единичные упоминания встречаются в Курской, Воронежской и Киевской губерниях. Сословно носители относились к духовенству или мелкопоместному дворянству, получившему фамилию по названию имения, но документальных подтверждений дворянского герба для Афиленских нет.

Женская форма — Афиленская — указывает, что носительница либо принадлежит к роду по мужу, либо сама происходит из этого рода. В современной России фамилия крайне редка, и её носители, скорее всего, потомки тех самых семинаристов или переселенцев из южных губерний. Однозначного ответа о точном месте происхождения нет, но греческий след остаётся самой обоснованной версией.