Фамилия Афлаханов — одна из тех, что сразу указывает на своё происхождение: она образована от мусульманского мужского имени Афлахан. Разберём это имя по частям, чтобы понять, что оно означало для предка, который его носил.

Первая часть имени, «Афла», восходит к имени Афли (или Афлятун). Это арабская переработка греческого имени Платон. В греческом оригинале Платон (Platon) означало «широкоплечий». Есть и другая версия: слово могли связывать с греческим «платюс» — «с широким затылком, загривком». Так или иначе, прозвищный смысл имени связан с крепким, коренастым телосложением. В арабской и тюркской среде имя Платон через Афлятуна стало частью местной ономастики, а затем дало уменьшительную или стяжённую форму Афли.

Вторая часть имени — «хан». Здесь всё прозрачнее. Первоначально «хан» обозначал вождя племени, особенно у кочевников Ирана и Афганистана. Позже, в составе личных имён, этот компонент стал почётным титулом, который добавляли к имени, желая подчеркнуть благородство, власть или уважение. В фамилиях тюркских и кавказских народов «-хан» нередко оказывается просто частью составного имени, а не указанием на реальный титул носителя.

Таким образом, имя Афлахан можно перевести как «Афла (Платон), обладающий достоинством хана» или «широкоплечий вождь». Фамилия Афлаханов, скорее всего, образована по русской модели притяжательных прилагательных с суффиксом -ов: «чей?» — Афлаханов, то есть сын или потомок человека по имени Афлахан.

Такая словообразовательная модель — арабское или тюркское имя плюс русский суффикс — типична для фамилий, возникших у народов Поволжья, Кавказа и Средней Азии, которые входили в состав Российской империи. Фамилия Афлаханов могла появиться у татар, башкир, азербайджанцев или представителей других тюркоязычных групп, где были распространены составные имена с компонентом «хан». Встречаемость фамилии сегодня невысока, что говорит о её локальном или родовом характере: носители, скорее всего, происходят из одного или нескольких близких родов, а не из массового потока переселенцев.