Фамилия Афраков редка и неоднозначна по происхождению. Её основа, «Афрак», не встречается в современном русском именослове, что указывает на несколько путей образования, но самый вероятный ведёт в тюркские языки. В них корень «афрак» или близкие формы могли означать «отдельный», «разрозненный» — такое прозвище могли дать человеку замкнутому, живущему особняком либо, наоборот, выделяющемуся из общины родом занятий. По этой же модели (тюркское прозвище + русский суффикс -ов) образованы фамилии Башмаков, Татаринов, Сарафанов.

Суффикс -ов здесь стандартный: он означает «сын» или «принадлежащий», то есть Афраков — сын Афрака. Географически фамилия встречается точечно, в основном на юге России и в Поволжье, что косвенно подтверждает тюркскую версию — именно в этих регионах исторически сильным было влияние татарского, башкирского и других тюркских языков. Вторая версия, менее распространённая, выводит фамилию из греческого имени Афракий (редкая форма от Ефракий — «благозвучный»), которое могло попасть в русскую среду через церковные календари. Однако в святцах это имя отсутствует, что делает гипотезу слабой.

Социальный статус первых носителей, скорее всего, был крестьянским или мещанским. Фамилия не относится к дворянским или купеческим, а значит, предки Афраковых могли быть однодворцами, государственными крестьянами или служилыми людьми «по прибору» (стрельцы, казаки) на южных рубежах. В любом случае, фамилия Афраков — яркий пример того, как редкое прозвище или заимствованное имя, обрастая русским суффиксом, закреплялось в документах и передавалось по наследству.