Фамилию Агалоян стоит разбирать не с корня, а с суффикса — он моментально выдаёт национальную принадлежность. Формант -ян (в старой орфографии -янц) — один из главных маркеров армянской ономастики, указывающий на происхождение от предка, чьё имя или прозвище стало основой. В русской среде такой суффикс обычно не заменяли на -ов или -ин, поэтому Агалоян сохранил исходное звучание.

Основа фамилии — Агало. Скорее всего, это вариант армянского личного имени Агалон или Агала, которое восходит к греческому «агатос» (ἀγαθός) — «добрый», «хороший». В армянский язык слово попало через христианскую традицию: в святцах есть святые с именем Агафон (в греческом варианте — Агатон), а в народной речи имя могло сократиться до Агало. Так что Агалоян буквально означает «потомок доброго человека» или «из рода Агало».

Есть и вторая, бытовая версия: в армянских говорах «агал» могло быть прозвищем от тюркского «ага» — «господин», «старший». Тогда Агало — уменьшительная форма, а фамилия — «принадлежащий к роду старшины» или «сын уважаемого человека». Учитывая многовековые контакты армян с тюркскими народами, эта гипотеза правдоподобна, но в словарях армянских фамилий чаще встречается первая версия — с греческим корнем.

Географически Агалоян распространена в основном в Армении и среди диаспор. В России носители живут в Краснодарском крае, Ростовской области и Москве — там, где исторически оседали переселенцы из Закавказья. Сословных барьеров у фамилии не было: имя Агалон не считалось аристократическим, но и не было простонародным, поэтому её могли носить крестьяне, ремесленники и священники.

Среди однокоренных фамилий с тем же суффиксом — Агабалян, Агаджанян, Агамалян — Агалоян выделяется короткой и звонкой основой, а значение «добрый» делает её одной из самых прозрачных и приятных для восприятия.