Фамилия Агаптова — женская форма, которая отсылает к мужской Агаптов. Её основа нестандартна. Вместо привычного имени Агап (от греческого «агапе» — любовь) или производного Агапий, здесь мы встречаем форму Агапт. Она возникла, скорее всего, в устной речи: имя Агап в некоторых говорах получило твёрдое окончание — так и появился Агапт. Суффикс -ов- затем оформил типичную русскую модель: сначала прозвище или имя Агапт, затем потомок Агапта — Агаптов.

Но почему именно Агапт, а не более логичное Агапов? Тут возможны два пути. Первый — прозвищный. В редких местных говорах бытовал глагол «агаптывать» — хватать, цепляться, приставать. Человека с цепким характером или упрямого в шутку могли назвать Агаптом. Вторая версия прозаичнее: ошибка писаря. При переписи населения, особенно в северных и сибирских регионах, фамилии часто записывали на слух. Имя Агап могли услышать как Агапт и закрепить в документах. Такие фонетические сдвиги — не редкость в русской ономастике.

В документах XVI–XVII веков встречаются имена Агап и Агапка, но вариант Агапт — скорее исключение. Географически фамилия Агаптова не массовая, её следы находят в центральных областях России и в Поволжье. Это не дворянская фамилия: предки, вероятно, были крестьянами или посадскими, получившими фамилию по отцу после отмены крепостного права в середине XIX века. По сравнению с частыми Агаповыми и редкими Агапиными, Агаптовы — любопытный пример народного словообразования, где имя прошло через два фильтра: устную речь и письменную фиксацию.