Фамилия Аггенко — редкий случай, когда корень слова не поддаётся однозначной славянской этимологии. С первого взгляда напрашивается связь с латинским «agere» (действовать, вести) или греческим «ἄγω» (вести), но для русской фамильной модели это нетипично. Вероятнее всего, перед нами украинская или белорусская фамилия, образованная по продуктивной модели с суффиксом -енко, который в этих регионах означал «сын» или «потомок» (как Шевченко — сын шевца, сапожника). Основа «Агг-» может быть искажением крестильного имени Аггей (от древнееврейского Хаггай — «праздничный»). В устной речи, особенно в диалектах, двойное «г» могло закрепиться как гиперкорректное написание, чтобы подчеркнуть происхождение от полной формы имени, а не от уменьшительной (вроде Ага, Агап). Вторая версия, менее вероятная, — связь с тюркским словом «аг» (белый) или «ага» (господин), но суффикс -енко указывает на восточнославянскую почву, а не на кочевые традиции. Учитывая, что фамилии на -енко массово фиксировались в реестрах Войска Запорожского и среди крестьян Левобережной Украины в XVII–XVIII веках, предок носителя фамилии Аггенко мог быть казаком или селянином, которого в документах записали по имени отца — некоего Аггея. Географически фамилия встречается точечно, в основном на юго-западе России и в восточных областях Украины, что подтверждает её локальный, а не аристократический характер.