Фамилия Агнвогаян — редкий случай в русском ономастиконе. Сразу бросается в глаза её нетипичный для славянских языков корень и окончание. Это не русская, не украинская и не белорусская фамилия. Её происхождение, скорее всего, связано с армянским языком, где суффикс «-ян» (или «-янц») указывает на принадлежность к роду, потомка.

Разберём основу «Агнвог». Здесь явно прослеживается связь с армянским словом «агнв» (ագնիւ) — «огонь». Вторая часть «-вог» может быть искажённой формой от «-вох» или «-вог» в значении «несущий» или «содержащий». Таким образом, фамилия Агнвогаян могла означать «огненосец» или «сын огненосца». Это прозвище, а не имя. В древности «огненосцами» могли называть людей, связанных с огнём: кузнецов, металлургов, служителей храмов огня (в зороастрийской традиции, которая была распространена в древней Армении), либо воинов, которые несли факелы или сигнальные огни.

Другая, менее вероятная, версия — связь с топонимом. В Армении есть несколько сёл и местностей, в названии которых встречается корень «агнв» (например, Агнвадзор). В этом случае фамилия указывала бы на выходца из такого места, но суффикс «-ян» всё равно превращал бы её в родовую.

Важно отметить, что фамилия Агнвогаян не фиксируется в классических русских фамильных словарях (Унбегаун, Никонов, Веселовский). Она не встречается в массовых исторических документах Российской империи, что подтверждает её недавнее (в историческом смысле) появление в русскоязычной среде, вероятно, в результате миграции в XX веке. В самой Армении это крайне редкая фамилия; носители, скорее всего, принадлежат к одной или нескольким родственным семьям. Ударение, по аналогии с другими армянскими фамилиями, падает на последний слог: Агнвогая́н.