Фамилия Агнюн — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение почти наверняка не славянское. В русских фамильных системах нет ни корня «агн-», ни суффикса «-юн» в такой позиции. Поэтому искать её истоки стоит за пределами восточнославянских земель.

Наиболее вероятная версия — фамилия восходит к древнееврейскому имени Аггей (Хаггай), что значит «праздничный», «рождённый в праздник». В библейской традиции это имя одного из двенадцати малых пророков. Через идиш или иврит форма могла трансформироваться в Агнюн, особенно в среде еврейских общин Восточной Европы. Суффикс «-юн» здесь не типичный русский уменьшительный или патронимический, а скорее адаптация на стыке языков: окончание могло закрепиться при записи фамилии в метрических книгах или при переходе в русскоязычную среду.

Менее убедительная, но возможная гипотеза — связь с арамейским корнем «агн» (сосуд, кувшин) или с греческим «агнос» (святой, чистый). Однако эти версии не подкреплены устойчивой традицией бытования фамилии в документах. Сплошных данных о географии Агнюнов в России нет: фамилия встречается единично, и её носители, скорее всего, потомки выходцев из черты оседлости, где смешивались еврейские, украинские и польские фамильные модели.

По социальному контексту ничего определённого сказать нельзя: Агнюн не указывает на ремесло, сословие или место жительства. Это классическая «именная» фамилия, образованная от личного имени, которое дали предку. Если вы ищете свои корни, стоит обратить внимание на записи в метрических книгах еврейских общин Волыни, Подолья или Галиции конца XIX — начала XX века — именно там могла закрепиться эта форма.