Фамилия Аидукас образована с помощью литовского уменьшительно-ласкательного суффикса -укас. В основе же фамилии, скорее всего, лежит прозвище Аид, которое, в свою очередь, восходит к прилагательному aidus («гулкий», «звучный»). Вполне вероятно, что прозвище Аид мог получить либо человек, обладающий звучным голосом.