Фамилия Ахабибуллина пришла в русский ономастикон из арабо-мусульманской культуры, и её основа — мужское личное имя Ахабибулла, которое переводится как «любимец Аллаха» (от арабского «хабиб» — любимый, и «Аллах» — Бог). Это типичная патронимическая фамилия, образованная от имени отца: суффикс -ин здесь указывает на принадлежность, то есть «сын (или дочь) Ахабибуллы». Никакого прозвища или ремесла за ней не стоит — только религиозный смысл, вложенный в имя при наречении.

В русской среде фамилии на -ин от имён восточного происхождения обычны для татар, башкир и других народов Поволжья, принявших ислам. Сейчас фамилия распространена в основном в Татарстане, Башкортостане и среди татарской диаспоры в других регионах России. В дореволюционной России такие фамилии чаще всего носили крестьяне и мещане из числа татар-мусульман, реже — купцы; дворянских родов с этой фамилией не зафиксировано.

Особенность этой фамилии — сохранение начального «А» в корне, хотя в разговорной татарской речи имя нередко редуцируется до Хабибулла. Написание «Ахабибуллина» фиксирует более книжный, арабский вариант произношения. Это может говорить о грамотности предков или о том, что имя записывали со слов муллы, который произносил его по-письменному. Для неспециалиста единственная сложность — не путать её с фамилией Хабибуллин: разница в одной букве «а» в начале, но обе восходят к одному корню, просто к разным диалектным или орфографическим вариантам имени. Фамилия женская, мужской вариант — Ахабибуллин.