Фамилия Ахмуханов — один из тех случаев, когда разбор упирается не столько в забытое ремесло или прозвище, сколько в имя собственное. Её основа — арабское или тюркское имя Ахмухан, которое в свою очередь является составным. Первая часть, «Ах-», восходит к арабскому «ахмад» («достойный похвалы», «хвалимый») — один из эпитетов пророка Мухаммеда. Вторая часть, «-хан», — тюркского происхождения, означает «владыка», «правитель», «князь». В составе личных имён у народов Кавказа и Поволжья «хан» часто терял прямой титульный смысл и служил пожеланием силы, уважения или просто благозвучным компонентом.

Таким образом, Ахмухан — это композит, где семитский корень «хвала» скрестился с тюркским «власть». Подобные гибридные имена (Ахмадхан, Ахметхан, Ахмухан) типичны для мусульманских народов, живших в зоне контакта исламской и степной культур: кумыков, ногайцев, чеченцев, ингушей, а также татар и башкир. Фамилия образована по русской патронимической модели: к основе «Ахмухан» добавили суффикс принадлежности -ов. В русской делопроизводственной традиции XIX — начала XX века так фиксировали отчества и фамилии для нерусского населения.

Суффикс -ов, а не -ин, указывает на то, что имя отца оканчивалось на согласный. Если бы основа звучала как «Ахмуха», мы бы получили Ахмухин. Выбор именно -ов — стандартный для тюркских и кавказских имён, которые воспринимались русскими писцами как мужские и «твёрдые».

Географически фамилия Ахмуханов встречается в основном на Северном Кавказе, прежде всего в Чечне, Ингушетии и Дагестане. Встречаемость невысокая, что говорит о сравнительно недавнем закреплении фамилии (скорее всего, не раньше второй половины XIX века) и о том, что она не была распространена среди крупных родовых групп (тейпов), а закрепилась за одной конкретной ветвью. В сословном отношении предки носителя фамилии, скорее всего, были свободными общинниками — узденями, а не князьями, несмотря на компонент «хан» в имени. В горском обществе «хан» в составе имени — это пожелание, а не титул.

Есть и более прозаичная, но правдоподобная версия: фамилия могла возникнуть как искажённая запись имени Ахматхан или Ахмедхан. В условиях устной передачи и записи со слуха «Ахмухан» — естественный вариант, где гласный «е» или «а» редуцировался до «у» под влиянием местных говоров. Окончательно утвердиться в таком виде фамилии помогла паспортизация 1930-х годов, когда запись закрепили по документам.