Фамилия Ахмыстова — женская форма, а её мужской вариант Ахмыстов. Сразу бросается в глаза необычное сочетание звуков: в русских фамилиях редко встретишь корень на «ах-» с последующим «мыст». Это сразу наводит на мысль, что перед нами нестандартная, возможно, искусственная или заимствованная основа.

Самая вероятная версия связывает фамилию с тюркским миром. Корень «ахмыст» может восходить к тюркскому имени или прозвищу. В татарском и башкирском языках есть имя Ахмад (Ахмет) — одно из самых распространённых, означающее «достойный похвалы». Форма «Ахмыст» могла возникнуть как диалектное или искажённое произношение этого имени в русской среде: звук «т» на конце мог озвончиться или перейти в свистящий «ст» под влиянием местных говоров. Тогда Ахмыстов — буквально «потомок Ахмыста», то есть человека, которого звали Ахмет или похожим именем.

Менее убедительна, но теоретически возможна версия от прозвища, связанного с глаголом «ахнуть» или «мыкать». В русских говорах «ахмыст» могло быть шутливым прозвищем для растерянного, суетливого человека — того, кто всё время «ахает» и «мыкается». Однако эта гипотеза слабая: сочетание «ах» и «мыст» не зафиксировано в диалектных словарях как устойчивое выражение, а конструкция прозвища выглядит натянутой. Поэтому тюркская версия предпочтительнее.

Суффикс -ов- указывает на типичную русскую модель образования фамилий от отчества или прозвища. В XVI–XVII веках, когда татарские и башкирские служилые люди переходили на русскую службу, их имена часто русифицировали: добавляли окончание -ов/-ев и давали детям уже русскую фамилию. Ахмыстовы могли быть потомками татарского мурзы или простого воина, обрусевшего несколько поколений назад.

Географически фамилия редкая, но встречается в Поволжье, особенно в Татарстане, Башкортостане и соседних областях — Самарской, Оренбургской. Это косвенно подтверждает тюркский след: именно в этих краях массово жили татары и башкиры, чьи имена дали начало подобным фамилиям. Встречается Ахмыстова и среди донских казаков — возможно, как результат миграции с востока.

О дворянском происхождении носителей фамилии ничего не известно. В родословных книгах Российской империи Ахмыстовы не значатся, что типично для фамилий, возникших в среде крестьян, однодворцев или служилых людей низшего ранга. Скорее всего, предки современных Ахмыстовых — крепостные крестьяне или вольные хлебопашцы, получившие фамилию по отцу с тюркским именем.