Фамилия Акмуканова — женская форма мужской фамилии Акмуканов. Её основа восходит к тюркскому составному имени Ахметмухаммет, которое в обиходе часто сокращалось до Акмукан. В тюркской ономастике это типичная модель: первая часть «ак» означает «белый», «чистый», «святой» или «благородный», а вторая — «мукан» — вариант имени Мухаммед (Мухаммет). Таким образом, имя Акмукан можно перевести как «чистый (святой) Мухаммед» или «благородный Мухаммед». Имя давали в честь пророка, подчёркивая уважение и религиозную традицию.

Фамилия образована по русской патронимической модели с суффиксом -ов/-ев, что характерно для многих народов Поволжья, Урала и Сибири, контактировавших с русской административной системой в XVIII–XIX веках. В башкирской, татарской и казахской среде при записи в метрические книги или при переписях отчество на -ович заменяли на фамилию с русским суффиксом. Поэтому Акмукановы — это потомки человека по имени Акмукан.

Географически фамилия чаще всего встречается в Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях, а также среди башкир и татар. Встречаются варианты написания Акмуханов, Акмухаметов, но Акмуканова — более редкая, сокращённая форма. Она сохраняет живую народную речь: в быту длинное имя Ахметмухаммет стягивали до короткого и удобного Акмукан.

Сословно носители фамилии относились к тептярям, башкирам-вотчинникам или государственным крестьянам — в документах XIX века Акмукановы упоминаются как жители деревень Уфимской и Оренбургской губерний. Фамилия не дворянская, но крепкая, крестьянская и военная: многие Акмукановы служили в казачьих войсках или в кантонных начальниках у башкир.