Фамилия Аль-Куджа — это географический указатель, который сообщает, откуда родом её первый носитель. В основе лежит название населённого пункта Куджа, существовавшего в юго-западной части современной Киргизии. Арабская приставка «аль» в этой фамилии работает как предлог «из»: она прикрепляет человека к месту, буквально означая «тот, кто из Куджи».

Сам топоним Куджа уходит корнями в этноним «куджи» — так называлось тюркское племя, жившее на этой территории. Таким образом, фамилия дважды закрепляет связь с землёй: сначала через название племени, затем через название селения, которое от него образовалось. Это редкий случай, когда фамилия сохранила арабский артикль в тюркской среде — обычно «аль» встречается в арабских или тюрко-арабских фамилиях Ближнего Востока и Кавказа, но в Средней Азии такое написание скорее исключение.

Модель образования здесь нестандартная для русской ономастики: нет суффиксов -ов, -ин или -ский, фамилия застыла в форме «аль + топоним». По типу она близка к арабским нисбам — указателям на происхождение, но вписана в русскую паспортную систему. Носители фамилии Аль-Куджа, скорее всего, потомки выходцев из киргизского села или рода, связанного с племенем куджи, которые в XX веке получили фамилию по месту рождения предка.