Фамилия Аль-Куджа образовано от названия населенного пункта Куджа, которое существовало в юго-западной части современной Киргизии. Сам топоним происходит от этнонима «куджи» - названия жившего на этой территории тюркского племени. Компонент «аль» буквально означает «из».