Фамилия Алаенков — относительно редкая патронимическая фамилия, образованная от личного имени или прозвища. Её основа — Алаенко, а суффикс -ов указывает на принадлежность: «сын Алаенко». Такая модель типична для русских фамилий, возникших на юге, в украинских и белорусских землях, где были распространены формы на -енко, которые затем русифицировались добавлением -ов.

Корень «Ала-» может восходить к нескольким источникам. Самая вероятная версия — от крестильного имени Елисей через его народную форму Алисей или Аласей. В разговорной речи имя могло редуцироваться до Алай, Алаенко. Другой вариант — происхождение от тюркского слова «ала» (пёстрый, рябой) или «алай» (толпа, множество). В этом случае Алаенко могло быть прозвищем человека с пёстрой одеждой или, реже, того, кто водился с толпой, был заводилой.

В документах фамилия не фиксируется как древняя дворянская. Скорее всего, она оформилась в среде крестьян или однодворцев в XVIII–XIX веках на территории современных Курской, Белгородской или Воронежской областей — зоне активного смешения русского и украинского населения. Там же встречаются однокоренные фамилии: Алаев, Алаенко, Алайкин. Суффикс -енко в основе выдает южное происхождение предка, а окончание -ов — позднейшую адаптацию к общерусской норме.

Спорных версий немного. Связь с греческим «алаос» (слепой) маловероятна для русской ономастики. Также не стоит путать фамилию с фамилией Аланов — та происходит от осетинского этнонима. Алаенков — чисто восточнославянская фамилия, без инородного субстрата.