Фамилия Алдущенко построена по украинской модели с суффиксом -енко, который в XVI–XVII веках закрепился за потомками человека по имени или прозвищу. Этот суффикс буквально означает «маленький» или «сын» (сравните с украинским «хлопченко» — мальчик). Поэтому Алдущенко — это «сын Алдуха» или «потомок Алдуха».

Основа фамилии — Алдух. Скорее всего, это производная форма от канонического имени Евдоким или, реже, от имени Евдоксия. В народной речи эти имена сокращались до Овдоха, Авдоха, а затем, с заменой начального гласного, превращались в Алдуха. Такие фонетические изменения типичны для южнорусских и украинских говоров: например, «Авдотья» становилась «Алдотьей». Менее вероятная версия — прозвище Алдух от диалектного глагола «алдыкать» (говорить невнятно, бормотать). Такие прозвища давали неразговорчивым или косноязычным людям, но эта гипотеза уступает по убедительности версии об имени.

По географии фамилия тяготеет к левобережной Украине и югу России. Наибольшая концентрация носителей традиционно фиксируется в Сумской, Полтавской и Харьковской областях, а также в приграничных районах Курской и Белгородской областей. Это подтверждает украинское происхождение: именно на этих территориях модель на -енко оставалась главным способом образования фамилий у крестьян и казаков вплоть до XIX века.

В ранних метрических книгах фамилию могли записывать как Алдущенко, Алдушенко или даже Олдущенко — вариативность написания была обычным делом, пока писарь не придерживался единой орфографии. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые указывали на принадлежность помещику или боярину, Алдущенко — «народная» фамилия без сословного оттенка. Она могла возникнуть в любой среде, где ценили родовую связь по отцу, и не требует реконструкции дворянского статуса предков.