Фамилия Алембита — редкий случай, когда её происхождение почти наверняка связано не с русским языком, а с греческим или итальянским. Основа фамилии — слово «алембик». Так в старину называли перегонный куб, сосуд для дистилляции, который использовали алхимики и аптекари. Само слово восходит к греческому «амбикс» (чаша, кубок) и через арабский язык попало в европейские. Форма «алембита» — это, скорее всего, не мужская, а женская фамилия (окончание -а указывает на принадлежность женщине). В мужском варианте она звучала бы как Алембит.

Откуда могла взяться такая фамилия? Самые вероятные версии — прозвище по роду занятий. Предок мог быть аптекарем, алхимиком или винокуром, который работал с перегонным аппаратом. В России такие прозвища давали людям, связанным с медициной или химическими ремёслами, особенно в среде иностранных специалистов, приглашённых при Петре I или Екатерине II. Вторая версия — фамилия могла возникнуть в среде греческих переселенцев, которые оседали в южных губерниях Российской империи: в Крыму, на Кубани или в Приазовье. Там греческий язык сохранял архаичные формы, и «алембика» могла быть прозвищем человека, торгующего аптекарскими товарами.

Суффикса в привычном русском понимании у фамилии нет — она осталась в почти неизменной иноязычной форме, что указывает на позднее закрепление (не раньше XVIII века). Географически фамилия встречается единично, и её носители, скорее всего, сосредоточены в городах с историческими греческими общинами или в местах бытования аптекарского ремесла. Споров о корне почти нет: все исследователи сходятся на алхимическом термине, хотя точный путь попадания в русский именослов остаётся неясным. Возможно, это не фамилия в классическом смысле, а родовое прозвище, которое закрепилось за одной семьёй в XIX веке и не получило широкого распространения.