Фамилия Алфамиров — редкий случай, когда основа не поддаётся однозначному толкованию с первого взгляда. Если отбросить суффикс -ов (указывающий на принадлежность: «чей?» — сын Алфамира), остаётся корень «Алфамир». В русской ономастике нет распространённого имени или прозвища с таким звучанием, поэтому здесь стоит искать иноязычные или искусственные корни.

Наиболее вероятная версия — греческое происхождение. В греческом языке есть слово «алфа» (первая буква алфавита) и корень «мир» (мир, покой), но в фамилиях такое сращение встречается крайне редко. Более правдоподобно, что Алфамир — это адаптация греческого имени или прозвища, связанного с духовным саном. В церковной среде было распространено имя Алфей (Αλφαίος), а суффикс -мир мог возникнуть под влиянием славянских имён типа Владимир или Любомир, где «мир» означал «община, свет». То есть Алфамиров — это потомок человека, которого звали Алфей, но имя переосмыслили на славянский лад.

Другая гипотеза, менее надёжная, но встречающаяся в любительских разборах, — связь с арабским «аль-фамир» (тот, кто знает, учёный). Однако фонетика не совпадает: в арабском нет твёрдого «п» и ударения на второй слог. Скорее всего, это случайное созвучие.

География фамилии узкая. Алфамировы встречаются в основном в южнорусских областях (Воронежская, Ростовская) и на Кубани, что косвенно подтверждает связь с греческими поселениями или с семинарской средой. В XIX веке такие фамилии нередко давали детям священников из греческих или малороссийских родов, меняя исходное имя для благозвучия.

Если сравнивать с однокоренными, то ближе всего фамилия Алфимов (от имени Алфим, народная форма Евфимий). Алфамиров — более редкий вариант, возникший, возможно, из-за ошибки писаря или намеренного удлинения основы. Суффикс -ов указывает на то, что фамилия сформировалась не в дворянской среде, а среди крестьян или мещан — там, где фамилии образовывали от отчества без затей.