Фамилия Аличубанов — редкий случай, когда тюркская основа «Аличубан» оформлена по русской патронимической модели с суффиксом -ов. Если отбросить окончание, получится сложное имя или прозвище, состоящее из двух частей: Али и чубан.

Первая часть — Али — широко распространённый арабский корень, означающий «высокий», «возвышенный», «благородный». В тюркской среде это имя давали в честь халифа Али, двоюродного брата пророка Мухаммеда, почитаемого шиитами и суннитами. Вторая часть — чубан — тюркское слово, означающее «пастух». В разных тюркских языках встречается как чобан, чубан, шобан. Получается, что Аличубан — сложное имя-прозвище, которое можно перевести как «благородный пастух» или «Али-пастух». Сочетание религиозного имени с социальной ролью — характерный приём для тюркской антропонимии, где прозвище могло закрепиться за основателем рода.

Словообразовательная модель фамилии типична для русской ономастики: к основе Аличубан добавили патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность («сын Аличубана»). В документах XVII–XIX веков тюркские имена часто русифицировали именно так: отца звали Аличубан, а его потомков записывали как Аличубановы. Это не фамилия по профессии в прямом смысле, а фамилия по отцу — то есть по прозвищу, которое когда-то дали предку.

Есть и другая, менее вероятная, версия. В некоторых тюркских языках слово «чубан» могло означать не только пастуха, но и «собаку» (ср. туркменское «чопан» — пастух, но в диалектах встречается иное значение). Однако для антропонимов значение «пастух» — основное и встречается в фамилиях Чубанов, Чобанов, Шубанов. Сочетание с именем Али делает эту версию сомнительной: имя-прозвище, где первая часть — религиозное имя, а вторая — профессия, выглядит логичнее, чем «благородная собака».

Географически фамилия Аличубанов тяготеет к регионам с сильным тюркским субстратом: Северный Кавказ, особенно Дагестан, Чечня, а также Астраханская область и Закавказье. Встречается она редко — это не массовая фамилия, а скорее локальная, что подтверждает её происхождение от конкретного прозвища, а не от распространённой модели. Сословно носители фамилии, скорее всего, относились к крестьянскому или казачьему сословию, но могли быть и среди горских народов, где фамилии образовывались по тому же принципу — от имени отца с добавлением русского суффикса при переходе на русский язык документов.