Фамилия Аличубанов — редкий случай, когда основа не славянская, а тюркская, но при этом фамилия оформлена по русской модели с суффиксом -ов. Если отбросить окончание, получим Аличубан. Это имя или прозвище, которое состоит из двух частей: Али и чубан.

Первая часть — Али — широко распространённый арабский корень, означающий «высокий», «возвышенный», «благородный». В тюркской среде это имя давали в честь халифа Али, двоюродного брата пророка Мухаммеда, почитаемого шиитами и суннитами. Вторая часть — чубан — тюркское слово, означающее «пастух». В разных тюркских языках встречается как чобан, чубан, шобан. Получается, что Аличубан — это сложное имя-прозвище, которое можно перевести как «благородный пастух» или «Али-пастух».

Словообразовательная модель фамилии — типичная для русской ономастики: к основе Аличубан добавили русский патронимический суффикс -ов, который указывает на принадлежность («сын Аличубана»). В русских говорах и в документах XVII–XIX веков тюркские имена часто русифицировали именно так: отца звали Аличубан, а его потомки записывались как Аличубановы.

Есть и другая, менее вероятная, версия. В некоторых тюркских языках слово «чубан» могло означать не только пастуха, но и «собаку» (ср. туркменское «чопан» — пастух, но в диалектах встречается иное значение). Однако для антропонимов значение «пастух» — основное и встречается в фамилиях Чубанов, Чобанов, Шубанов. Сочетание с именем Али делает эту версию более правдоподобной: имя-прозвище, где первая часть — религиозное имя, а вторая — профессия или социальная роль.

Географически фамилия Аличубанов тяготеет к регионам с сильным тюркским субстратом: Северный Кавказ, особенно Дагестан, Чечня, а также Астраханская область и Закавказье. Встречается она редко — это не массовая фамилия, а скорее локальная, что подтверждает её происхождение от конкретного прозвища, а не от распространённой модели.

Сословно носители фамилии, скорее всего, относились к крестьянскому или казачьему сословию, но могли быть и среди горских народов, где фамилии образовывались по тому же принципу — от имени отца с добавлением русского суффикса при переходе на русский язык документов.