Фамилия Алиеного — один из тех редких случаев, когда написание вводит в замешательство. На первый взгляд она кажется притяжательным прилагательным в родительном падеже (кого? — Алиеного), как «Красного» или «Черного». Но в русской фамильной системе такая форма почти не встречается: стандартные фамилии на -ого (Дурново, Благово) — это застывшие формы родительного падежа от прозвищ, но у них ударение обычно на последний слог, а основа оканчивается на -ово/-ево. «Алиеного» же выглядит как искусственное или позднее образование, и ключ к разгадке, скорее всего, в иноязычном корне.

Вероятнее всего, перед нами русифицированная форма иностранной фамилии, адаптированная через окончание -ов/-ев, но с искажением при записи. Если взять за основу греческую фамилию Алиенос (Άλιενος) или итальянскую Alieno (от лат. alienus — «чужой», «чужеземец»), то при добавлении русского суффикса -ов получилось бы «Алиенов». Однако в документах (особенно в XIX — начале XX века, при записи со слов) окончание могли машинально просклонять: «Алиенов» в родительном падеже — «Алиенова», а в именительном при переписывании ошибочно закрепили форму «Алиеного» как якобы прилагательное. Такие казусы встречались у переселенцев, чью фамилию писарь «обрусел» на слух.

Менее вероятная, но любопытная версия — связь с греческим словом αλιενός (halienós), означающим «солёный» или «морской». В этом случае фамилия могла принадлежать рыбаку или жителю побережья, но опять же в форме «Алиенос» или «Алиенов». Форма «Алиеного» в таком контексте — либо описка, либо результат того, что фамилию записали по отчеству: «чей? — Алиеного сын», и это закрепилось.

Географически фамилия встречается крайне редко, в основном у носителей с южными (греческими, причерноморскими) корнями. Если ваши предки — из числа греков Приазовья или крымских переселенцев, то исходная форма почти наверняка была Алиенов или Алиенос, а нынешнее написание — результат канцелярской ошибки, которая со временем стала официальной.