Фамилия Алили — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий, образованных с помощью суффиксов -ов/-ев, -ин или -ский, фамилия Алили не имеет типичного славянского окончания. Это сразу указывает на то, что её корни, скорее всего, не русские, а принесены в Россию из другого языка и культурной среды.

Скорее всего, перед нами фамилия восточного происхождения. Наиболее вероятная версия связывает её с арабским именем Али (علي) — одним из самых распространённых в исламском мире, означающим «возвышенный», «высокий», «великий». В таком случае фамилия Алили может быть образована по модели, характерной для тюркских или кавказских языков: корень «Али» + аффикс принадлежности или относительности «-ли». В тюркских языках суффикс «-ли» указывает на обладание чем-либо или принадлежность к чему-то. Таким образом, Алили можно перевести как «относящийся к Али», «из рода Али» или «имеющий отношение к Али». Это типичная патронимическая модель для многих народов Кавказа (азербайджанцев, лезгин, татов) и тюркских народов (татар, кумыков), где фамилии часто заканчиваются на «-ли», «-лы» или «-лу».

Менее вероятная, но возможная версия — происхождение от прозвища. В некоторых диалектах могло существовать слово, созвучное «алили», которое давалось человеку за какую-то особенность. Однако без конкретных диалектных записей эта гипотеза остаётся лишь предположением. Встречаемость фамилии в России крайне низкая, что говорит о её локальном, возможно, семейном характере. Носители фамилии Алили, скорее всего, имеют предков из регионов Северного Кавказа, Закавказья или Поволжья, где были сильны тюркские и иранские языковые влияния.

Фамилия не претерпела русификации и сохранила свою оригинальную форму. Это отличает её от многих восточных фамилий, которые в русской среде получили окончания -ов или -ев. Алили — пример того, как фамилия-показатель может нести в себе информацию о родстве, социальном статусе или географическом происхождении предка, оставаясь при этом загадкой для непосвящённого.