Фамилия Алимоваа — редкий случай двойного «а» на конце, который почти наверняка обязан опечатке или ошибке в документе. В русской фамильной системе суффикс -ов образует притяжательные фамилии: Алимов — значит «сын Алима». Второе «а» здесь лишнее с точки зрения нормы. Скорее всего, в паспорте, свидетельстве или записи ЗАГСа букву случайно сдвоили, и написание закрепилось. Если ваш предок был грамотным писарем, он бы так не написал; если же документ заполняли на слух или с чужой подписи — ошибка была делом секунды.

Разбирать эту фамилию нужно через её нормативную форму — Алимов. Основа — мужское имя Алим. Оно арабского происхождения, означает «знающий», «учёный», «мудрый». В исламской традиции это один из эпитетов Аллаха (аль-Алим — Всеведущий), но как личное имя оно широко распространено у татар, башкир, народов Кавказа. Фамилия Алимов (и её искажённый вариант Алимоваа) типична для потомков человека, которого звали Алим. Никакого отношения к женскому роду тут нет: окончание -а — это просто грамматическое оформление фамилии в женском роде, а двойное «а» — механическая ошибка.

В ономастике такие случаи называют «паспортными деформациями». Есть целый класс фамилий, где двойные буквы возникали из-за невнимательности или особенностей почерка: Алексееваа, Ивановаа. Никакого тайного смысла в этом нет. Ваша фамилия — не самостоятельное образование, а сбой в системе. Для поиска корней стоит ориентироваться на фамилию Алимов: она встречается у татар, башкир, у народов Дагестана и Чечни. Если вы знаете, откуда родом ваши предки, это сразу укажет на возможное происхождение имени Алим в вашей семье — мусульманское, а не славянское.

Двойное написание не делает фамилию «неправильной» — оно делает её уникальной в документах. Но для историка или генеалога она ничем не отличается от обычной фамилии Алимов. Ищите предков по основному варианту.