Фамилия Алиягубова — женская форма, мужской вариант — Алиягубов. В основе фамилии лежит составное имя Алиягуб, которое представляет собой сращение двух арабских корней: «Али» (высокий, возвышенный, а также имя халифа Али) и «губ» — искажённое «губб» или «хабб» (любовь, любимый). В тюркских языках, особенно у народов Кавказа и Поволжья, такие двукорневые имена были распространены: Алиягуб могло означать «высокая любовь», «возлюбленный Али» или «любимец Всевышнего». Фонетически форма «губ» вместо «хабб» типична для дагестанских языков, где арабские заимствования проходили через лезгинский или аварский строй речи.

Суффикс -ов указывает на русскую модель образования фамилии — через притяжательное прилагательное. Обычно так оформляли фамилии в XIX–XX веках, когда нерусское население включалось в имперский учёт: к имени отца добавляли русский суффикс. То есть Алиягубов — буквально «сын Алиягуба». Фамилия явно поздняя по фиксации: в дореволюционных метриках она встречается редко, чаще — в советских документах, когда шла массовая паспортизация в Дагестане, Чечне и среди горских евреев.

Географически фамилия тяготеет к южному Дагестану — к лезгинским и табасаранским сёлам. Встречается также у азербайджанцев и татов (горских евреев), но там чаще пишут как Алиягубов/Алиягубова. Спор о происхождении: некоторые исследователи (например, в работах Г. Гусейнова по дагестанской антропонимии) считают, что «губ» может восходить к тюркскому «куб» — множество, обилие, и тогда имя означает «высокое изобилие». Однако арабская этимология надёжнее, так как имя Алиягуб встречается в мусульманских именословах именно в значении «любимый Аллахом».

Однокоренных фамилий немного: Алигубов, Алигубеков. Они отличаются вторым компонентом: «губек» — уменьшительное от «губ» (маленький любимец). Фамилия Алиягубова не относится к числу распространённых — по данным современных телефонных справочников, носителей не более пары сотен, в основном в Махачкале, Дербенте и Баку.