Фамилия Альмагер — редкий случай, когда происхождение почти наверняка не славянское, а западноевропейское. В русском контексте она выглядит как искусственная или принесённая, и её разбор требует отказа от привычной модели «основа + суффикс -ов/-ин». В ней нет ни одного продуктивного славянского суффикса, поэтому на русской почве она не могла возникнуть естественным путём.

Скорее всего, Альмагер — это вариант немецкой фамилии Almaguer, которая, в свою очередь, имеет испанские корни. В Испании существует город Альмагро (Almagro) в провинции Сьюдад-Реаль. Название города восходит к арабскому «аль-магра» (al-maghra) — «красная глина» или «краснозём». Соответственно, фамилия Альмагер была топонимической: её давали человеку, который был родом из этого города или его окрестностей. В немецком произношении конечное «о» перешло в «е», что и дало форму Almaguer, а затем и русское Альмагер. Получается, что носители фамилии — потомки немцев, переселившихся в Российскую империю в XVIII–XIX веках, или люди, получившие фамилию при переезде из Западной Европы. Их дальние корни уходят в испанский городок, название которого связано с красной глиной.

Вторая, менее вероятная версия связывает фамилию с еврейским (ашкеназским) прозвищем. В идише «алмагер» могло означать «старый господин» или «старый муж» (от алт — старый и магер — муж, господин). Однако такое прозвище не зафиксировано в авторитетных словарях еврейских фамилий, и эта гипотеза остаётся умозрительной. Встречаемость фамилии в современных русских базах данных крайне низкая, что подтверждает её инородный характер.