Фамилия Алтфонова — редкая, и её происхождение неочевидно. Чтобы разобраться, начнём с суффикса: типичное русское окончание -ов указывает на принадлежность, то есть «сын человека по имени или прозвищу Алтфон». Основа здесь — мужское личное имя Алтфон, которое в современном русском языке не встречается и явно пришлое.

Самая правдоподобная версия связывает Алтфона с арабскими и тюркскими корнями. «Алт» может восходить к тюркскому «алтын» (золото) или к арабскому «альт» (высокий, возвышенный). Вторая часть «-фон» вероятно связана с арабским «фан» (искусство, наука) или персидским «фан» (свет, сияние). Получается значение вроде «золотой свет» или «высокое искусство». Не исключено, что это упрощённый вариант более известного имени Алтынбек или Алтынхан, который обрусел при переходе в русскую среду.

Фамилия носит все признаки позднего, книжного происхождения — скорее всего, семинарского или приходского. В XIX веке такие «искусственные» фамилии давали выходцам из духовного сословия или крещёным татарам, башкирам и другим тюркским народам. Суффикс -ов подтверждает, что фамилия не от названия местности или профессии, а от имени отца.

Географически Алтфонова тяготеет к Поволжью и Приуралью — регионам, где веками смешивались славяне и тюрки. Встречается она крайне редко, что говорит о её локальном характере. Написание с двумя «ф» (Алтфонова, а не Алтофонова) — важная деталь: оно указывает на то, что имя попало в русский язык через письменную фиксацию, а не через устную бытовую речь, где бы звуки смягчились или выпали.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Алтынов, Алтаев, Алфимов) показывает, что основа «алт-» в русских фамилиях почти всегда тюркская, а не греческая или латинская. Версия о происхождении от греческого «алфа» или латинского «альтус» (высокий) маловероятна, так как она не объясняет вторую часть «-фон». Так что предки носителей фамилии Алтфонова с высокой долей вероятности были либо крещёными татарами, получившими фамилию по имени отца, либо русскими священниками, которым дали искусственную фамилию по арабскому или книжному имени.