Фамилия Алтсепп — редкий пример, когда прозвище предка буквально «склеилось» из двух эстонских слов и превратилось в фамилию. Первая часть, alt, означает «снизу» или «из-под». Вторая, sepp, переводится как «кузнец». Скорее всего, такое прозвище получил не сам кузнец, а его помощник или ученик — тот, кто работал «под» мастером, в прямом и переносном смысле: ниже по положению, у горна или под наковальней.

Кузнечное ремесло — одно из древнейших, и профессия эта была везде в почёте. Кузнеца считали не просто мастером, а почти волшебником, способным укрощать огонь и металл. Поэтому фамилии, образованные от слова «кузнец», встречаются у множества народов: русские Кузнецов и Ковалёв, английский Смит, немецкий Шмидт, французский Ферран, испанский Эрреро. Эстонский sepp дал начало целому ряду фамилий: Сепп, Сеппанен, а также составным, как Алтсепп.

Модель образования здесь нетипична для русской ономастики. В русском языке фамилии чаще всего образуются с помощью суффиксов (-ов, -ин, -ский), а Алтсепп — это чисто эстонская основа, которая вошла в русский обиход без изменений. Такие фамилии обычно встречаются среди потомков эстонских крестьян или переселенцев, в основном в приграничных с Эстонией районах Псковской и Ленинградской областей, а также в Сибири, куда эстонцев переселяли в XIX — начале XX века.

Встречаются варианты написания — Алтсеп, Алтсепа, но исходная форма Алтсепп точнее передаёт эстонское произношение. Других версий происхождения, кроме «помощник кузнеца», у этой фамилии нет: обе части прозвища прозрачны и не дают повода для споров.