Фамилия Алустов — редкий случай, когда происхождение можно проследить почти по карте. В её основе лежит название крымского города Алушта, который до середины XX века в документах и на старых картах часто писали как Алуста. Жителя такого места называли «алустец» или «алустовец», а его сын получал прозвище Алустов — буквально «сын алустовца» или «выходец из Алусты».

Суффикс -ов — типично русская модель, которая закрепилась в фамилиях в XVI–XVII веках. Такие фамилии чаще всего получали крестьяне или посадские люди по месту, откуда они переселились. Алустов — не дворянская фамилия. Её носители, скорее всего, были выходцами из Крыма, которые после присоединения полуострова к России в конце XVIII века перебрались в центральные или южные губернии. География фамилии сегодня очень узкая: Алустовы встречаются в основном на юге России и в некоторых регионах Украины.

Менее вероятная версия связывает фамилию с греческим именем Алустос (от ἀλουστός — «неутомимый»). Но в русской ономастике нет устойчивой традиции перехода греческих имён в фамилии с суффиксом -ов. Топонимическое объяснение проще и логичнее: фамилия буквально «привязана» к конкретному месту, и спорных гипотез здесь нет — пример прозрачный.

Сравните с однокоренными фамилиями: Алуштинский, Алуштов — все они восходят к тому же крымскому топониму. Алустов среди них выделяется именно русским суффиксом, который в XIX веке часто «русифицировал» фамилии выходцев из греческих или татарских селений. Так что предки современного носителя фамилии Алустов — скорее всего, переселенцы из Алушты, обосновавшиеся на новых землях и сменившие прозвище на фамилию.