Фамилия Алуйникова — женская форма, её мужской вариант Алуйников. Разбирать её удобно с суффиксальной модели: -ик в основе указывает на носителя признака или рода занятий, а патронимический суффикс -ов означает «сын» или «потомок». То есть Алуйников — буквально «сын Алуйника». Такая цепочка (прозвище → имя на -ик → фамилия на -ов) характерна для русских фамилий, образованных не от крестильного имени, а от бытового прозвища.

Корень «Алуй-» — тёмный и редкий. В словаре Даля «алуй» зафиксирован как диалектное слово со значением «вялый, разиня, простофиля». В южнорусских говорах так могли называть нерасторопного или бесхитростного человека. Суффикс -ник в прозвище Алуйник работал так же, как в словах «ленивник» или «простник»: он оформлял носителя качества. Таким образом, предок носителей фамилии получил прозвище за медлительность или простоватость, и оно закрепилось за родом.

Менее вероятная версия — связь с личным именем Алуй, которое могло возникнуть как народное сокращение календарных имён Алфей или Алевтин. Тогда Алуйник — «сын Алуя», а фамилия — патроним от редкого крестильного имени. Однако доказательств бытования такого имени в письменных источниках мало, поэтому версия с прозвищем остаётся основной.

Географически фамилия Алуйников встречается нечасто, основные очаги — южнорусские области: Воронежская, Курская, Ростовская — и прилегающие территории Украины. Это указывает на происхождение из среды однодворцев или крестьян южного пограничья, где диалектная лексика была особенно разнообразна. Социальный контекст типичен для крестьянской среды: прозвище давали по внешним или поведенческим чертам, оно закреплялось за родом и через поколения превращалось в фамилию.