Фамилия Аляутдинова происходит от арабского мужского имени Алауддин. В переводе оно означает «возвышенность веры» или «благородство религии» (от слов «ала» — возвышенность, и «дин» — вера). Имя Алауддин было распространено в мусульманских семьях, особенно в среде татар и башкир, что указывает на тюркские корни носителей фамилии.

Русификация фамилии привела к фонетическим изменениям: начальное «а» перешло в «аля», а окончание приобрело типичный для русских фамилий суффикс «-ов» (в женском роде — «-ова»). Так имя Алауддин превратилось в фамилию Аляутдинов. Подобная адаптация происходила в XIX — начале XX века, когда представители исламских народов Российской империи получали паспорта и записывались в официальные документы.

Процесс формирования фамилий у татар и башкир был длительным, поэтому без генеалогических исследований сложно установить точное место и время возникновения рода Аляутдиновых. Однако можно сказать, что предки современных носителей фамилии, скорее всего, были людьми верующими — имя Алауддин давали в честь религиозного деятеля или просто как благочестивое пожелание. Встречается и вариант написания Аляутдинов (с «ё»), но он менее распространён.

Основа фамилии — «Аляутдин» — сохраняет связь с исходным арабским именем, что делает её легко узнаваемой среди других фамилий тюркского происхождения.