Фамилия Амерходжаев — одна из тех, что сразу выдают восточные, а точнее, среднеазиатские корни. Её основа — составное мужское имя Амерходжа (вариант Амирходжа), где первая часть «Амер» (от арабского «амир») означает «повелитель, князь, военачальник», а вторая — «ходжа» (персидское «хваджа») — почётный титул, которым на Востоке называли уважаемых людей, купцов, землевладельцев или потомков пророка. Таким образом, имя Амерходжа можно перевести как «господин-повелитель» или «знатный предводитель». Это имя было популярно среди народов, исповедующих ислам, особенно в среде тюркских и иранских этносов.

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ев, который присоединяется к основе, оканчивающейся на гласную или мягкий согласный (в данном случае к «Амерходжа»). В русской традиции фамилии на -ев/-ов означали принадлежность к роду: «чей?» — «Амерходжаев», то есть потомок или сын Амерходжи. Такое оформление характерно для фамилий, которые возникли у народов Средней Азии и Кавказа в период их вхождения в состав Российской империи и в советское время, когда местные имена и прозвища адаптировали под русскую паспортную систему.

В отличие, скажем, от фамилии Абдуллаев, где основа — религиозное имя («раб Аллаха»), Амерходжаев несёт в себе светскую иерархическую нотку. «Ходжа» — это не просто имя, а указание на социальный статус. Предки носителя этой фамилии с высокой вероятностью относились к местной элите: могли быть крупными торговцами, духовными наставниками или зажиточными землевладельцами. Встречается фамилия преимущественно в Узбекистане, Таджикистане и среди выходцев из этих регионов, реже — в других республиках Центральной Азии.

Географически фамилия довольно редкая за пределами Средней Азии. Поскольку в основе лежит антропоним, а не топоним или ремесло, она не даёт подсказки о конкретном городе или профессии, но чётко указывает на исламскую культурную среду и на то, что предок носителя был человеком заметным, не из простонародья.