Фамилия Амнинов — редкий случай, когда за основу взято не имя и не профессия, а почти забытое слово с отрицательным смыслом. В её основе лежит древнерусское «амни» — ослушник, строптивый человек, тот, кто не подчиняется приказу. В словарях встречается и форма «амница» (женщина того же нрава), и глагол «амниться» — упрямиться, идти наперекор. В некоторых говорах слово имело оттенок «забывчивый, рассеянный», но основное значение — именно непокорный и своевольный.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), а затем наращивание -ов по типу многих русских фамилий. Первоначально Амнин — сын или потомок человека по прозвищу Амня. Позже, в ходе унификации фамилий, форма Амнинов закрепилась как более полная, по образцу «отцовских» фамилий на -ов. Ономастические справочники, в частности работы Б. Унбегауна, относят такие фамилии к группе, образованной от личных характеристик человека, без привязки к профессии или географическому названию.

Встречается фамилия крайне редко, в основном в центральных и северных областях России. В дореволюционных переписях Амниновы фиксировались как крестьяне и мещане, что логично: прозвище «амня» вряд ли дали бы знатному человеку. Сравнение с однокоренными фамилиями (Амнин, Амничкин, Амнев) показывает, что все они происходят от одного корня, но Амнинов — самая распространённая из них, хотя и остаётся очень редкой.

Таким образом, предки носителей фамилии Амнинов — люди, получившие прозвище за упрямый или независимый нрав, что в крестьянской среде могло быть как недостатком, так и признаком характера, который не сгибался перед обстоятельствами.