Фамилия Анальчено — тот случай, когда первая реакция — заподозрить искажение или заимствование, но словообразовательная модель всё расставляет по местам. Суффикс -енко (в русской передаче часто -енко) — типичный для украинских фамилий, образованных от прозвищ или имён. Перед нами форма Анальч-енко, где основа, скорее всего, восходит к прозвищу Аналец или Аналько.

Самая правдоподобная версия отталкивается от диалектного слова «аналь» или «аналька». В южнорусских и украинских говорах так называли утку-нырка, гоголя или вообще небольшую водоплавающую птицу. Прозвище Аналь (или Аналько) давали человеку, который ходил вразвалку, как утка, или имел привычку нырять — в прямом или переносном смысле. Менее вероятна связь с личным именем Ананий (через форму Аналь): тогда ждали бы фамилию Ананьенко, а не Анальченко.

География бытования — восток Украины и приграничные области России: Белгородская, Курская, Воронежская. Это указывает на крестьянскую или казачью среду, где прозвища переходили в наследственные фамилии не раньше XVII века. Никакого отношения к медицинскому термину фамилия не имеет — чисто случайное звуковое совпадение, закрепившееся уже в русском языке XX века.