Фамилия Анеева — женская форма, парная к мужской Анеев. Её основа — имя или прозвище Аней (в тюркских языках — «мать» или ласковое обращение к женщине), либо Анай. Суффикс -ев указывает на принадлежность: Анеев буквально значит «сын Анея» или «из рода Анея». Это типичная русская патронимическая модель, но с нерусским корнем.

По одной версии, в основе лежит тюркское слово «ана» — мать. Тогда Аней могло быть ласкательным именем для ребёнка, особенно в семьях, где мать играла ключевую роль, или прозвищем заботливого, «материнского» по характеру человека. По другой — Аней это вариант имени Анай, распространённого у башкир, татар и других тюркских народов. В таком случае фамилия указывает на этническое происхождение предка.

География фамилии Анеева сегодня сосредоточена в Поволжье и на Урале — в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской области. Это подтверждает её тюркские корни. В документах XVIII–XIX веков носители фамилии чаще всего числились государственными крестьянами или тептярями — сословием, близким к башкирам и татарам.

Редкая деталь: в некоторых переписях XIX века фамилию записывали через «я» — Аняев. Это не ошибка, а отражение местного произношения: в тюркских говорах «а» после мягкого согласного звучит как «я». Со временем написание унифицировалось, но вариант Аняев встречается до сих пор, особенно в Башкортостане.

Спорных гипотез немного. Иногда Анеева связывают с греческим именем Аней (мифологический царь), но это натяжка: фамилия слишком плотно привязана к Поволжью, чтобы предполагать античное происхождение. Правдоподобнее тюркская версия — она подкреплена и географией, и словообразовательной моделью.