Фамилия Аникель — редкий случай, когда за основу взято не имя, а географическое название, причём не русское, а немецкое. Если точнее — топоним Анникель (Annickel) из земли Рейнланд-Пфальц. Носители такой фамилии в Германии и Австрии действительно встречаются, хоть и нечасто. В Россию она попала, скорее всего, вместе с переселенцами — немцами, которых приглашали осваивать Поволжье и южные губернии в XVIII–XIX веках. Поэтому человек с фамилией Аникель, скорее всего, потомок немецкого колониста, а его предки могли быть крестьянами или ремесленниками из западногерманских земель.

Модель образования здесь простая: суффикс -ель в немецких фамилиях часто указывает на уменьшительную или локальную форму. То есть Аникель изначально — «тот, кто родом из Анникеля». В русской среде фамилию не переделывали, не добавляли типичные окончания -ов или -ин, а оставили в исходном звучании. Это характерно для поздних заимствований, когда фамилия уже была зафиксирована в документах на немецкий манер.

Есть и другая, менее вероятная версия: что Аникель — это искажённое церковное имя Иоанникий (в просторечии Аникий, Аника). Но тогда ждали бы форму Аникеев или Аникин. Суффикс -ель для русских фамилий нехарактерен, а вот для немецких — обычное дело. Поэтому топонимическое происхождение убедительнее.

В дореволюционных метрических книгах Поволжья фамилия Аникель встречается у лютеран, что подтверждает связь с немецкими колониями. После депортации немцев в 1941 году часть носителей оказалась в Сибири и Казахстане, где фамилия сохранилась до сих пор. Сегодня Аникель — фамилия малочисленная, но устойчивая, без вариантов написания и без путаницы с похожими русскими фамилиями.