Фамилия Анипченко относится к распространенному типу украинских фамилий и образована от крестильного имени Антип. Анип — это украинская форма имени Антип. Мужское крестильное имя Антип в переводе с греческого на русский язык означает «отчим». Одним из святых покровителей этого имени является священномученик Антипа, епископ Пергама Асийского, день памяти которого приходится на 24 апреля. Согласно другой, менее правдоподобной гипотезе, фамилия Анипченко восходит к арабскому женскому имени Анипа - «истинная, настоящая».