Фамилия Анисян — типичный пример армянской родовой модели, где суффикс -ян (в диалектах также -ан, -енц, -унц) означает принадлежность к клану или дому. В дословном переводе с армянского «азганун» — это имя рода, то есть фамилия указывает на происхождение: «из семьи Аниса» или «из рода Анисов».

Спор о происхождении самого имени Анис — ключевой момент. Есть три основные версии, и первая — самая правдоподобная.

1. Арабское влияние. Мужское имя Анис (أنيس) в арабском языке означает «близкий друг, товарищ, собеседник». Учитывая многовековые контакты армянского и арабского миров (особенно в эпоху Арабского халифата и после), это имя могло войти в обиход как личное, а затем закрепиться в фамилии.

2. Греческий след. Имя Анисий (Ανίσιος) переводится с греческого как «исполнение, завершение». В христианской традиции известен святой Анисий, и краткая форма Анис могла возникнуть естественным путём. Однако эта версия слабее: в армянской ономастике греческие имена обычно транслитерировались иначе, а краткие формы редко становились основой для фамилий на -ян.

3. Растительная гипотеза. Слово «анис» (лат. Pimpinella anisum) — пряное растение, используемое как лекарство и приправа. Но здесь натяжка: прозвища по названиям трав в Армении встречаются, но обычно они образуют фамилии с суффиксом принадлежности к месту (например, Анисян могло бы означать «живущий там, где растёт анис»), а не родства.

Таким образом, наиболее вероятно, что фамилия Анисян восходит к личному имени Анис в значении «друг, товарищ» — либо через арабское заимствование, либо как адаптация греческого Анисия. Изначально прозвище Анис давалось человеку дружелюбному или же, по христианской традиции, в честь святого. Позже, когда в Армении в XIX веке массово закреплялись фамилии (особенно после реформ Российской империи), к основе добавили клановый суффикс -ян. Так появилась фамилия Анисян — «из рода Аниса».

Географически фамилия встречается в основном в Армении (особенно в областях Сюник, Арарат) и в диаспоре — в России, Грузии, Иране. В написании возможны варианты: Анисян, Анисянц (с сохранением древнего окончания), реже — Анисеан.