Фамилия Антайнис — один из редких для России случаев, когда литовское происхождение читается прямо в окончании. Если отбросить типичный для литовских мужских фамилий суффикс -ис (-is), остаётся корень Антайн-. Он восходит к личному имени Антанас — литовскому аналогу русского Антон, которое, в свою очередь, происходит от латинского Antonius («вступающий в бой», «состязающийся»). Таким образом, Антайнис — это патронимическая фамилия, то есть буквально «сын Антанаса» или «потомок Антония». В Литве модель с суффиксом -is закрепилась в XVI–XVII веках и подчёркивала именно кровное родство, в отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые чаще указывали на отчество или владение.

Написание через «а» (Антайнис), а не через «о» (Антойнис) — точный маркер литовского произношения. В русской передаче литовское «а» под ударением остаётся без изменений, тогда как в польской традиции его могли бы заменить на «о». Поэтому по одной только букве в корне можно с высокой вероятностью определить, что предок носителя фамилии был литовцем, а не поляком или белорусом.

Носители фамилии в России — почти наверняка потомки литовцев, переселившихся в XIX–XX веках. Географически Антайнисы встречаются на северо-западе страны: в Калининградской области, а также в Москве и Санкт-Петербурге. Отдельный след — Сибирь: туда ссылали участников литовских восстаний 1863 года, и часть семей осталась там навсегда. В самой Литве фамилия тоже существует, но не входит в число самых частых.

Сословного барьера у Антайнисов не было: в метрических книгах XIX века эта фамилия встречается и у крестьян Жемайтии, и у мелких шляхтичей Аукштайтии. Так что за фамилией стоит не география одного сословия, а история конкретного рода, который в какой-то момент отделился от литовского корня и ушёл на восток.