Фамилия Ануоеев — редкий пример, в котором причудливо переплелись иноязычная основа и русский суффикс принадлежности. Даже на слух она звучит нехарактерно для славянского уха: в ней нет привычного корня, который сразу подсказал бы прозвище или занятие. Причина в том, что в основе фамилии лежит имя или прозвище Ануой.

Самая вероятная версия связывает Ануоя с карельским или финским языком. В прибалтийско-финской топонимике и антропонимике частотна основа «oja» — «ручей». Первая часть «Anu» может быть вариантом имени Анна (в карельском языке Анну — уменьшительное от Анна) или восходить к диалектному слову со значением «медленный», «тихий». Таким образом, Ануой — это человек, живший у ручья Анны, либо прозвище по характеру течения воды. Фамилия закрепилась на северо-западе России, в районах бывшего Обонежья и Приладожья, где финно-угорский субстрат силён до сих пор.

Суффикс -ев указывает на типичную модель русской фамилии: «чей?» — Ануоеев, то есть сын или потомок Ануоя. Поскольку фамилия зафиксирована в формах с двумя «е» (Ануоеев, а не Ануоев), это может говорить о позднем оформлении на письме или о том, что в говоре ударение падало на второй слог, и двойная гласная обозначала долготу звука. Сословно предки, скорее всего, были государственными крестьянами или однодворцами — в дворянских родословных такая фамилия не встречается.

Встречаются и альтернативные объяснения: от тюркского «ану» (мать) с греческим суффиксом, или от осетинского имени, но они не выдерживают проверки географией. Все известные носители фамилии Ануоеев — выходцы из Карелии, Архангельской и Вологодской областей. Тюркские или кавказские корни не подтверждаются ни переписями, ни архивными данными XIX века. Поэтому версия с финским ручьём остаётся основной.