Фамилия Ануйлов — редкий случай среди русских фамилий, где за привычным суффиксом -ов скрывается неочевидная основа. Вместо того чтобы начинать с разбора корня, стоит сразу взглянуть на суффикс: здесь он -ов, а не -ев, что указывает на основу, оканчивающуюся на согласный. Но какой именно? Первое, что приходит на ум, — имя Ануй или Анул, но ни одно из них не встречается в святцах. Более правдоподобная версия ведет к крестильному имени Ануфрий (церковная форма — Онуфрий). В народном произношении это имя нередко сокращалось до Ануй: отпадала часть -фрий, а оставшаяся основа звучала как Ануй. От нее и образовали фамилию Ануйлов — то есть «сын Ануя», где Ануй — уменьшительная или обиходная форма Онуфрия.

Вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование, — связь с тюркским именем Ануй или Анур. В некоторых тюркских языках «ануй» означает «легкий, удобный», а в татарских именах встречается компонент Ан- (как в Анвар, Анфиса). Однако для русской фамилии с суффиксом -ов такое происхождение нетипично: тюркские основы чаще дают фамилии на -ин (например, Анурин). Поэтому версия с Онуфрием выглядит убедительнее: она объясняет и суффикс, и редкое звучание.

Географически фамилия Ануйлов встречается крайне редко. В дореволюционных источниках ее можно найти в центральных губерниях России — например, в Рязанской или Тамбовской, где имя Онуфрий было распространено среди крестьян и мещан. Носители фамилии, скорее всего, были выходцами из простонародья: имя Онуфрий в XVIII–XIX веках не было дворянским, его давали при крещении в семьях крестьян и ремесленников. Социальный статус — невысокий, что типично для отчеств, образованных от обиходных форм календарных имен.

Сравнение с однокоренными фамилиями помогает подтвердить версию. Есть фамилии Ануфриев, Онуфриев, Ануфреев — все они восходят к тому же имени Онуфрий. Ануйлов стоит в этом ряду особняком: он образован не от полной формы, а от краткой, что делает его более редким и локальным. Если Ануфриевых в России тысячи, то Ануйловых — единицы, и это указывает на возможное происхождение из одной конкретной местности или даже от одного предка.

Что касается ударения, в фамилии Ануйлов оно, скорее всего, падает на второй слог: Ану́йлов. Это соответствует ударению в имени Онуфрий (Ону́фрий) и его краткой форме Ану́й. В разговорной речи иногда встречается вариант с ударением на последний слог, но он менее логичен с точки зрения словообразования.