Фамилия Аперат — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет типичного русского суффикса -ов, -ин или -ский, что сразу наводит на мысль о заимствованной или искусственной основе. Скорее всего, перед нами пример поздней, книжной или семинарской фамилии, которую давали в духовных училищах.

Слово «аперат» в русском языке не встречается как самостоятельное. Ближайшая ассоциация — латинское «aperio» (открывать) или производное «apertus» (открытый). В семинарской среде такие латинизированные фамилии были в ходу: их давали ученикам, проявлявшим способности к языкам, или просто как благозвучный псевдоним. Есть версия, что фамилия могла возникнуть от искажённого «операт» (от лат. «operor» — трудиться, работать), но это менее вероятно: в русской письменности корень «апер-» встречается в медицинских терминах (например, «апертура» — отверстие), что тоже могло стать прозвищем для человека с какой-то характерной чертой внешности.

Второй возможный путь — топонимический. В некоторых регионах бывшей Речи Посполитой (современные Беларусь, Литва) встречаются названия хуторов или урочищ с корнем «апер-». Фамилия могла возникнуть как прозвище переселенца «из Аперата» или «живущий у Аперата». Однако подтверждённых географических названий с таким корнем в открытых источниках нет, поэтому эта версия остаётся гипотетической.

Носители фамилии Аперат в основном сосредоточены на юге России и в Причерноморье, что косвенно указывает на возможное греческое или тюркское влияние. В греческом языке есть слово «απεράτ» (aperat) — «бесконечный», «непроходимый», но это скорее случайное созвучие, чем прямая этимология.

Таким образом, наиболее правдоподобно, что фамилия Аперат — искусственная, семинарского происхождения, от латинского слова со значением «открытый». Если это так, то предок носителя фамилии мог быть выпускником духовного училища, получившим звучную фамилию по окончании курса.