Фамилия Аперат — случай, когда отсутствие привычного русского суффикса (-ов, -ин, -ский) работает как главная подсказка. Сразу ясно: перед нами не крестьянское прозвище, а скорее поздняя, книжная фамилия, которую давали в духовных училищах. Семинаристам нередко присваивали латинизированные фамилии — благозвучные, с намёком на образованность. Слово «аперат» в русском языке не живёт, но латинское «aperio» (открывать) и причастие «apertus» (открытый) — ближайшие кандидаты в предки. В семинарской среде такой корень могли дать ученику, проявившему способности к языкам, или просто как красивый псевдоним.

Менее вероятная версия — искажённое «операт» от латинского «operor» (трудиться). В русской письменности корень «апер-» встречается в медицинских терминах вроде «апертура» (отверстие), что могло стать прозвищем по внешности — например, для человека с заметной щербинкой или широко раскрытыми глазами. Но это уже гадание.

Есть и топонимическая гипотеза: в некоторых районах бывшей Речи Посполитой (современные Беларусь, Литва) могли существовать хутора или урочища с корнем «апер-». Тогда фамилия означала бы «выходец из Аперата» или «живущий у Аперата». Однако подтверждённых географических названий с таким корнем в открытых источниках нет, поэтому эта версия остаётся гипотетической.

Интересна география: носители фамилии Аперат в основном встречаются на юге России и в Причерноморье. Это косвенно указывает на возможное греческое или тюркское влияние. В греческом есть слово «απεράτ» (aperat) — «бесконечный» или «непроходимый», но это скорее случайное созвучие, чем прямая этимология.

Так что самое правдоподобное объяснение: фамилия искусственная, семинарская, от латинского «открытый». Если так, предок носителя фамилии — выпускник духовного училища, получивший звучную фамилию при окончании курса.