Фамилия Апкере — редкий случай, когда географический след почти наверняка перевешивает любую попытку найти славянский корень. Сама конструкция фамилии нехарактерна для русской словообразовательной модели: в ней нет ни типичных суффиксов принадлежности (-ов, -ин, -ский), ни окончания, привычного для фамилий из прилагательных. Скорее всего, перед нами застывшая форма топонима или прозвища, записанная на слух. Вместо того чтобы искать здесь славянскую основу, стоит сразу обратиться к языкам Кавказа и тюркской группы.

Самый вероятный источник — тюркские или адыгские языки. Разбираем словообразовательную модель: в тюркских языках «ап» может означать «охота», «ловля», а «кере» — «нужда», «дело». Сложение этих основ давало прозвище «апкер» — охотник, ловчий. В переносном смысле так могли назвать человека, который кормился этим промыслом. В адыгских языках (черкесском, кабардинском) встречается основа «апкI» со значением «мелкий», «низкорослый», и прибавление суффикса могло дать прозвище по внешнему признаку. Обе версии правдоподобны, но первая (профессиональное прозвище) кажется более конкретной и объяснимой: охота в горных и степных регионах была обычным занятием, которое легко закреплялось за человеком как имя.

Существует и вторая версия, экзотическая, но не лишённая оснований: фамилия могла возникнуть как искажённая запись немецкой фамилии Appker или Appkerer. В немецком App — яблоко, а суффикс -er указывает на профессию (яблочный торговец или садовод). Такие фамилии встречались среди поволжских немцев, и при адаптации в русской среде они давали формы вроде Апкер, Апкере, Апкерман. Если это так, то предки были колонистами, переселившимися в Россию в XVIII–XIX веках. Однако эта гипотеза слабее: фамилия Апкере почти не встречается в документах поволжских колоний, а её современная география указывает на юг, а не на Поволжье.

География фамилии узкая: в современных базах данных Апкере встречается единично, преимущественно в Краснодарском крае и Ставрополье — регионах, где исторически пересекались тюркские, кавказские и славянские фамильные традиции. Это косвенно подтверждает версию о кавказском или тюркском корне, так как именно там подобные одноосновные фамилии без суффиксов — обычное дело. Сословная принадлежность предков невосстановима из-за редкости фамилии: в дореволюционных метрических книгах она почти не фиксируется. Можно лишь предположить, что носитель прозвища был либо охотником, либо мелким ремесленником, либо выходцем из горских народов, чьё имя позже записали как фамилию.