Фамилия Апхудова — женская форма фамилии Апхудов, и её разбор стоит начать с главной загадки: корня. В русской ономастике эта фамилия почти не встречается, и её основа неочевидна для носителя славянских языков. Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от прозвища или имени, пришедшего из языков Кавказа, тюркских или иранских наречий, где «апхуд» могло означать что-то вроде «господин воды» или «владыка» (ср. осетинское «апп» — владыка, и «худ» — вода или просто «хозяин»). Вторая, менее правдоподобная версия — связь с арабским «абу» (отец) и искажённым именем, но тогда форма была бы Абухудова.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ов- указывает на принадлежность, то есть Апхудов — потомок человека по прозвищу или имени Апхуд. Окончание -а в женском варианте — стандартная русская адаптация. Географически фамилия тяготеет к Северному Кавказу и Закавказью, где такие корни органичны, но могла попасть и в центральную Россию через переселенцев или смешанные браки.

Если отбросить домыслы, то самое надёжное — признать, что фамилия редкая и её точная этимология утеряна. В словарях Б. Унбегауна или В. Никонова она не фигурирует, что говорит о её локальном бытовании. Возможно, предки носительницы фамилии были связаны с водными промыслами или занимали положение в горной общине, но это лишь гипотеза. Фамилия не даёт сословной привязки: её могли носить и крестьяне, и князья — без дополнительных документов сказать нельзя.