Фамилия Апоонг — один из тех редких случаев, когда с первого взгляда понятно: перед нами не славянское образование. В русской ономастике нет суффикса, который давал бы такое окончание. Типичные фамилии заканчиваются на -ов, -ев, -ин, -ский, -их, -ых или на согласный (Кузнецов, Смирнов, Седых, Гоголь). «Апоонг» никуда из этого ряда не попадает.

Самое прямое объяснение — иноязычное происхождение. Финал -онг характерен для китайских, вьетнамских и некоторых других восточноазиатских фамилий: Вонг, Чонг, Лонг. Скорее всего, «Апоонг» — это транслитерация иероглифической записи. В китайском есть фамилия Ā (阿), которая часто стоит в начале двусложных имён. Если «поонг» — запись второго слога, то на русской почве два слога слились в одно слово. Такое могло означать, например, «второй сын» или быть частью личного имени, которое закрепилось как фамилия.

Менее вероятно, что фамилия возникла из искажённого прозвища или топонима в среде народов Кавказа или Поволжья — там встречаются нестандартные финали. Но никаких следов такой этимологии в доступных ономастических словарях нет. Ни у Унбегауна, ни у Никонова, ни в работах Веселовского подобной основы не найти.

Скорее всего, носители фамилии Апоонг — потомки выходцев из Восточной Азии, которые в разное время переселились в Россию. Фамилия сохранила первоначальное звучание почти без изменений, а это для русской традиции переоформлять чужие имена большая редкость. Обычно «Чжан» становится «Жановым», а «Нгуен» — «Нгуеновым». Здесь же адаптация минимальна: фамилию просто записали на слух, не добавляя суффиксов.